Копирование файлов из одной папки в другую выполнит команда cp. Вы можете копировать как один файл, так и несколько файлов. Вы можете использовать как абсолютные пути до папки, так и относительные. Некоторые файлы должны иметь соответствующие права. За смену прав файла отвечает утилита chmod. Смотрите статью как изменить права у файла при помощи chmod BASH. Если прав будет недостаточно, то вы не сможете скопировать файл. В этом случае вы увидите предупреждение. Под root пользователем вы сможете копировать любые файлы.

# рекурсивное перемещение папок, обе папки должны быть созданы
mv folder1/* folder2

# копирование файла в текущей папке
cp ./file1 ./file2

# копирование по маске
cp *.txt  ./f2

# -i ключ для предупреждения Y/N
cp -i file1 file2

# рекурсивно копирует папку с файлами
# с флагами -a и -r, или -R выполняет копирование дерева каталогов
cp -r folder1 folder2